高效过滤器的运行大致可分为三个过程，运行初期滤层阻力小，截污能力大，进水自中心向四周形成速度梯度，配水难以均匀，严重时在过滤器内形成局部死角，特别是过滤器中空气没有排尽时该状况更加严重，给菌藻类滋生繁殖创造极有利条件；运行中期，随着纤维束中心区域截污量的增加，自四周向中心阻力增加，配水趋于均衡，产水量及水质稳定；运行末期，截污能力已尽极限，浅层纤维束已形成阻力极大的滤饼，进出口压差迅速增加，深层纤维束随时有被穿透的可能，出口水质趋势于恶化。
　　运行初期和末期的监控是运行管理的重点，运行初期要使进水均匀，余气排尽，在保证产水量的情况下将进水适当截流，使过滤器内水流速度差降至最低，消除过滤死角，防止菌藻类滋生繁殖，在运行过程中随着产水量的变化逐渐增加进水量；在运行末期，严格监测进出口压差及产水浊度，压差超过0。2MPa或浊度超过2FTU时，过滤器退出运行进行气水洗。另外，过滤器在运行过程中不得停运，以防滤层紊乱及搅动影响产水质量。
　　过滤器的日常清洗通过上进水下进气的方式对流冲洗，保持进气强度在60L/s﹒m3左右，使纤维束充分搅动，达到截留物彻底脱落的目的。同时在运行之初，缓慢升压，废水外排，直到产水合格后并入系统。
　　高效过滤器长期运行后，由于菌藻类滋生繁殖、胶体与纤维束的静电吸引、有机物的污染等因素，造成运行周期短，截污能力下降，水气洗后压降不明显，就需要进行化学清洗。我们采用3%NaOH、0.5%NaCLO混合液，加热到30℃，浸泡滤料24小时后进行气水合洗，至PH≤8时结束，清洗后产水还原率可达98%以上，截污容量大于10㎏/m3。